Tác phẩm đầu tay của Calvin luận giải về quyển De Clementia của Seneca. Do tác giả tự bỏ tiền ra để xuất bản năm 1532, tác phẩm này thể hiện tính nhân bản theo truyền thống Erasmus của Calvin với sự hiểu biết thấu đáo về học thuật kinh điển.[97]

Calvin luận giải hầu hết các sách trong Kinh Thánh. Sách luận giải đầu tiên của ông xuất bản năm 1540 là về sách Roma. Ông dự định viết sách luận giải cho toàn bộ Tân Ước. Sáu năm trôi qua trước khi Calvin viết quyển thứ hai, luận giải sách I Cô-rin-tô, từ đó ông tập trung nhiều hơn cho mục tiêu đề ra. Trong vòng bốn năm, ông cho xuất bản các sách luận giải toàn bộ thư tín của Phao-lô, và hiệu đính sách luận giải thư Roma, rồi quay sang các thư tín chung, gởi tặng chúng cho Vua Edward VI. Năm 1555, Calvin hoàn tất các sách luận giải Tân Ước, chỉ bỏ qua sách Khải Huyền, cùng I Giăng và II Giăng.

Về Cựu Ước, Calvin viết luận giải cho sách Ê-sai, Ngũ Kinh của Môi-se, Thi thiên, và sách Giô-suê, dựa trên những bài thuyết giảng của ông cho sinh viên và mục sư. Từ năm 1557, do không có thì giờ, ông cho ấn hành các bài giảng luận được ghi lại theo phương pháp tốc ký, luận giải các sách tiểu tiên tri, Đa-ni-ên, Giê-rê-mi, Ca thương, và một phần sách Ê-xê-chi-ên.[98]

Calvin viết nhiều thư tín và chuyên luận. Sau Responsio ad Sadoletum, năm 1543 theo yêu cầu của Bucer viết thư mở Supplex exhortatio ad Caesarem gởi Charles V nhằm bảo vệ đức tin cải cách. Trước đó, năm 1544, Calvin đã gởi một thư mở cho Giáo hoàng (Admonitio paterna Pauli III) phản đối Paul III vì đã tước đoạt những nhà cải cách mọi triển vọng hiệp nhất với giáo hội. Giáo hoàng triệu tập Công đồng Trent ra nghị quyết chống lại những nhà cải cách. Năm 1547, Calvin viết Acta synodi Tridentinae cum Antidoto phản bác các nghị quyết của công đồng. Năm 1549, theo yêu cầu của Bucer và Bullinger, Calvin viết chuyên luận, Vera Christianae pacificationis et Ecclesiae reformandae ratio trình bày những giáo lý cần được tuân giữ, trong đó có giáo lý xưng công chính bởi đức tin.[100]

Calvin cung cấp nhiều văn kiện nền tảng cho các giáo hội cải cách, trong đó có sách giáo lý, và thể chế hội thánh. Ông cũng viết những bản tuyên tín nhằm hiệp nhất các giáo hội. Năm 1559, ông soạn một bản tuyên tín bằng tiếng Pháp, Tín điều Gallic, được giáo hạt Paris chấp nhận với một ít sửa đổi. Tín điều Belgic năm 1561, một bản tuyên tín viết bằng tiếng Hà Lan dựa một phần trên Tín điều Gallic.[101]